Cours magistraux + Travaux Dirigés 1) Introduction à la diversité microbienne (bactéries, Archaea, micro-eucaryotes et virus) - Méthodes d'étude : - Bactéries : Histoire de la découverte du clade SAR11 - Les Archaea : une diversité insoupçonnée 2) Les microeucaryotes : grandes lignées eucaryotes, apports des approches moléculaires pour l’évaluation de la diversité des plus petits eucaryotes et de la phylogénie des eucaryotes en général. 3) Les virus : Santé et Environnement Les virus représentent une part inaliénable de l'histoire de la vie. La découverte des virus géants et les données apportées par les techniques d'analyse génomique stimulent la recherche de nouvelles hypothèses sur le rôle évolutif des virus ou leur implication dans les dynamiques des populations d'hôtes. Les mécanismes qui contribuent à la diversité du monde viral et au rôle central des virus dans le fonctionnement des écosystèmes et dans l'évolution de leurs hôtes procaryotes et eucaryotes seront abordés, aussi bien à l’échelle des communautés naturelles que par l'étude de modèles tels que les mimivirus ou les rétrovirus par exemple. Travaux pratiques - Analyse phylogénétique : étude de cas permettant d’utiliser et d’appliquer les méthodes d’analyse phylogénétique pour comprendre la diversité et l’évolution des micro-organismes. Les exercices d’analyse phylogénétique sont réalisés sur postes informatiques individuels. Les étudiants travaillent aussi en groupes pour résoudre sur un projet collaboratif avec restitution finale orale devant l’ensemble du groupe. Ce projet fait l’objet d’une évaluation en contrôle continu.
