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Cours magistraux
1) Structure et fonctions des gènes et des génomes microbiens
Structure des génomes : microorganismes eucaryotes, procaryotes, virus ; chromatine, chromosomes ; régions codantes, non codantes et fonctions associées
Organisation des gènes : unité transcriptionnelle, recouvrement, synténie, îlots de pathogénicité ; limites des séquences codantes ; introns/exons ; régulation : éléments agissant en cis, facteurs agissant en trans ; RNAi
2) Evolution des génomes microbiens
Evolution moléculaire des génomes : réplication, réparation et mutation ; recombinaison, duplication, brassage d’exons, conversion génique, transfert horizontal de gènes ; réarrangements à grande échelle, ploïdie
Expansion /réduction des génomes : des eucaryotes unicellulaires libres aux parasites
Transmission horizontale d’ADN bactérien : transformation, conjugaison, transduction, transpositions et éléments mobiles (intégrons, ilots, ICE…)
Génomes des organites : cas des apicoplastes, des organites apparentés aux mitochondries (hydrogénosomes, mitosomes)
3) Approches expérimentales de génomique fonctionnelle
Génétique "forward et reverse" : vecteurs et clonage, expression hétérologue, mutagénèse, banques de gènes, ARN interférence
Le système CRISPR/CAS
4) Génétique des populations
Définition d’une population, évolution des populations, différentes formes de sélection, signatures moléculaires de la sélection, dérive génétique, marqueurs de polymorphisme génétique, indices de diversité, notions de taille efficace, dynamique des populations microbiennes et liens avec l’épidémiologie des maladies infectieuses
Travaux Dirigés
Analyses de publications ou d’extraits de publications scientifiques ayant trait aux thématiques abordées dans les cours magistraux. Mettre en œuvre une démarche d’interprétation des résultats et de comparaison par rapport à d’autres données.
