Contenu
Cours magistraux
- la colonisation du microbiote digestif chez le jeune (homme et animal) (3h CM 1,5h TD - 3 séances - Evelyne Forano)
- Facteurs modulant la composition du microbiote intestinal : alimentation, rythme circadien, traitements (antibiotiques, anticancéreux).
Dialogue hôte/microbiote : influence du microbiote sur les défenses de l’hôte, régulation du microbiote par le système immunitaire. (1,5h CM 1,5h TD Julien Delmas)
- Dysbiose intestinale : dysbiose et maladies métaboliques - dysbiose et maladies du tractus digestif (3h CM – 1,5h TD = 2 séances) Guillaume Dalmasso)
- Microbiote de l’abeille (3 h CM 3h TD= 4 séances - Hicham El Alaoui)
- Les virus dans l’environnement (4,5h CM - 4,5h TD = 6 séances) Rôle des virus dans la dissémination de la résistance aux antibiotiques – Les fonctions cellulaires au sein des virus.
Travaux Dirigés
apprentissage par programme de lecture - Les étudiants travaillent en groupe sur des microbiomes afin d'en déterminer la structure (richesse, diversité, abondance) et les principales fonctions
Travaux pratiques
- Introduction à l'environnement linux : acquisition des commandes de base dans un contexte de traitement de fichiers de séquences de type NGS (TP : 3h)
- Traitement des données de métabarcoding (CM : 1,5h- TP 9 h)
Qualité des séquences - assemblage - demultiplexage - traitement des chimères - clustérisation - Affiliation taxonomique. Chainage des opérations par un script bash.
- Traitement des données de métatranscriptomique (CM : 1,5h - TP 12 h)
Profil fonctionnel et activité de communautés microbiennes – Analyse de l’expression différentielle de gènes entre différentes conditions environnementales. Analyses réalisées sous R.
