Omiques intégratives

• UE introductive à la bioinformatique (M1) • UE Bioanalyse en génomique et transcriptomique (M1) • UE Protéomique et métabolomique (M1) • Connaissances en physiologie et génomique des organismes

Savoir analyser une situation complexe impliquant des données “omiques’ de différentes natures (génom, transcripto, proteo, metabo, biblio...) et en proposer une interprétation critique pour comprendre le fonctionnement intégré de la cellule et de l’organisme

CM : Concepts et méthodes pour l’intégration de données « omiques »
• Introduction à l’intégration de données Omiques
• Rappels de Transcriptomique, protéomique, métabolomique et développements connexes (interactomique, fluxomique etc.)
• Retour sur les méthodes : Fouille de données, analyses multi-blocs, graphe, text-mining...

TD : Analyse d’article et exercices pratiques pour la mise en œuvre d’outils d’analyse de visualisation et d’intégration de données (e.g. genome viewer, mixomics, cytoscape...)

TP :Approche par projet : Prise en main d’un jeu de données hétérogène complexe, compréhension de la problématique, développement d’une solution bioinformatique (conception d’une chaine de traitements), analyse des données et interprétation dans le contexte de la problématique identifiée.
Ce projet se décline en 2 étapes :
- 1- travail individuel : analyse de la nature des données fournies, de la problématique posée et proposition d’une stratégie d’analyse intégrée (donne lieu à une note individuelle pour une évaluation en CC)
- - 2 – travail en groupe (groupes constitués par l’équipe pédagogique) : mise en œuvre d’une solution pour le traitement et l’analyse des données fournies dans le cadre du projet (donne lieu à une note de groupe pour une évaluation en CC)

La restitution des résultats de l’analyse intégrative et de l’interprétation des données donnera lieu à une présentation orale devant une jury composé de l’ensemble de l’équipe pédagogique et des étudiants de la promotion.

Savoir analyser une situation complexe impliquant des données “omiques’ de différentes natures (génom, transcripto, proteo, metabo, biblio...) et en proposer une interprétation critique pour comprendre le fonctionnement intégré de la cellule et de l’organisme