Microbiologie Environnement Digestif Santé
UMR 0454 / UCA
- Adresse :
- INRAE Site de Theix
, INRAE - Clermont Auvergne Rhône Alpes
63122 SAINT-GENES-CHAMPANELLE
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
- Adresse :
- CBRV
TSA 50400
28, Place Henri Dunant
63001 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Mickael DESVAUX
- Directrice Adjointe
- Stephanie BLANQUET DIOT
Composition équipe ( effectif total : 60 )
- BEYSSAC Erick -
- BLANQUET DIOT Stephanie -
- DHIFALLAH Imen -
- ETIENNE MESMIN Lucie -
- FOURNIER Elora -
- GARRAIT Ghislain -
- LAINE Emmanuelle -
- PEYRET Pierre -
- BERNALIER DONADILLE Annick -
- DESVAUX Mickael -
- FORANO Evelyne -
- HEBRAUD Michel -
- JUBELIN Gregory -
- LECLERC Marion -
- MOSONI Pascale -
- SAPOUNTZIS Panagiotis -
- TALON Regine -
- DEL HOMME Christophe -
- DENIS Sylvain -
- DUNIERE Lysiane -
- DURAND Frederique -
- FADHLAOUI Khaled -
- LEROY Sabine -
- URIOT Ophelie -
- CHAFSEY Ingrid -
- CHALANCON Sandrine -
- COUTURIER Ingrid -
- DURIF Claude -
- DUTILLOY Stephanie -
- GAUDRON Yoan -
- GUILLOT Laurie -
- TARTIERE Romain -
- ANDANT Carine -
- CACCIA Nelly -
- CISSOIRE Arlette -
- DANIEL Julien -
- DANON Jeanne -
- DE MARTRIN Christophe -
- DELMAS Eve -
- DESCHAMPS Charlotte -
- DHAINAUT Catherine -
- DO COUTO Maria Gloria -
- DURAND Alexandra -
- GARRIVIER Annie -
- GONZALEZ Maxence -
- LALLIER Nathalie -
- LEBBAOUI Yacine -
- MAZAL Carine -
- MILESI Sylvie -
- RADECKI Floriane -
- RICHARD Alexandre -
- ROUSSEAU Valerie -
- BELTRAMO Chloe -
- BOURDERI-CAMBON Arnaud -
- BRON Auriane -
- FAKIH Ibrahim -
- GUILBAUD Justine -
- LEFEVRE Helene -
- NDIAYE Sokhna-Astou -
- O'SULLIVAN Deborah -
Thèmes de Recherche
L’Unité MEDiS (Microbiologie Environnement Digestif et Santé ; https://www6.ara.inrae.fr/medis/), est une Unité Mixte de Recherche entre INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) et l'UCA (Université Clermont Auvergne) créée en Janvier 2017. L'UMR454 MEDiS est géographiquement localisée sur deux sites, le site de Theix (Centre de Recherche Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes, 63122 Saint-Genès Champanelle) et le site Dunant (Faculté de Médecine et de Parapharmacie, 63000 Clermont-Ferrand).
L'Unité MEDiS est organisée en mono-équipe et s'articule autour de quatre axes thématiques de recherche interactifs : (i) Pathogènes Alimentaires Zoonotiques (PAZ), avec l'étude de l'écophysiologie des Escherichia coli pathogènes diarrhéiques (DEC), et plus généralement du colibiome et du microbiome associé, ainsi que de listeria monocytogenes, (ii) Fonctions Métaboliques du Microbiote digestif et Dysbioses (FM2D), en particulier avec l'étude d'intrants positifs ou négatifs comme les polyphénols et les xénobiotiques, dans des situations physiologiques ou pathologiques (syndrome de l'intestin irritable et obésité), (iii) GALéniques INNovantes (GALINN) avec le développement de nouvelles stratégies de vectorisation de probiotiques, de prébiotiques ou de substances actives et (iv) INNOvations et développement de modèles in VITRO (INNOVITRO) avec le développement de systèmes digestifs artificiels ou de systèmes de capture de gènes.
Les recherches de l'Unité portent sur l'étude des interactions des microbiotes alimentaires et digestifs de l'animal et de l'Homme avec leur environnement. L'objectif principal des travaux conduits au sein de l'UMR vise à étudier les inter-relations entre micro-organismes intestinaux et alimentation, facteurs environnementaux et/ou agents pathogènes pouvant conduire à différentes situations physio-pathologiques. Il s'agit également de pouvoir proposer des stratégies innovantes permettant de traiter/prévenir les désordres microbiens impliqués dans les états pathologiques étudiés. Le microbiote est ainsi le point central commun aux différents axes de recherche.
L'Unité dispose d'infrastructures expérimentales performantes avec 4 plateaux techniques ; l'Installation Expérimentale Microbiologie (IEM) INRAE, mettant à disposition une animalerie gnotobiotique, le plateau UCA Partner GALBIOPHARM dédié à l'évaluation biopharmaceutique et galénique de composés actifs, le plateau UCA Partner DIGESTIV de simulation de l'environnement digestif humain et animal, le plateau UCA Partner CAPTURE dédié à la capture de gènes. L'Unité a des liens privilégiés avec des plateformes régionales dans lesquelles des scientifiques du MEDiS ont des responsabilités, la plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), la plateforme d'exploration du métabolisme (PFEM) et la plateforme IRICE PRIMUM (plateforme de recherche intégrative en nutrition et mobilité).
L'UMR MEDiS représente un effectif d'environ 70 personnes dont une quarantaine de titulaires INRAE ou UCA (Directeur de Recheche, Professeur d'Université, Chargé de Recherche, Maître de Conférence Universitaire, Ingénieur de Recherche, Ingénieur d'Etude, Assistant Ingénieur, Technicien de Recherche, Adjoint Technique Principal). Elle accueille régulièrement des doctorants et post-doctorants ainsi que des stagiaires et CDD, représentant en moyenne une quinzaine de contractuels par an. MEDiS accueille et collabore avec des personnels détachés de la société Lallemand, en particulier son Unité d'Affaires Nutrition Animale, avec qui elle développe depuis plus de 25 ans un partenariat de recherche privilégié concernant l'utilisation d'additifs alimentaires pour les animaux d'élevage en lien avec les thèmes FM2D et PAZ.
Publications ( HAL )
- Escobase and AcR: Escherichia coli databases of genomes and acid resistance genes from isolates from cattle farms
Lucile Martin , Philippe Ruiz , Sabine Leroy , Sapountzis Panagiotis - Western diet-based NutriCol medium: A high-pectin, low-inulin culture medium promoted gut microbiota stability and diversity in PolyFermS and M-ARCOL continuous in vitro models
Galal Ali Esmail , Ophélie Uriot , Walid Mottawea , Sylvain Denis , Salma Sultan , Emmanuel Njoku , Mariem Chiba , Susan Tosh , Stéphanie Blanquet-Diot , Riadh Hammami - Biochemical characterization of the Escherichia coli surfaceome: a focus on type I fimbriae and flagella
Devon Kavanaugh , Adeline Sivignon , Yannick Rossez , Zina Chouit , C. Chambon , Louane Béal , Mathilde Bonnet , Michel Hébraud , Yann Guérardel , Hang Thi Thu Nguyen , Nicolas Barnich - Rôle de la compétition dans le contrôle des pathogènes et de l’antibiorésistance : perspective mathématique et in vitro
Anaïs Bompard , Sébastien Masseglia , Frédérique Chaucheyras-Durand , Evelyne Forano - Micro(nano)plastiques (MNPs) et contaminants chimiques dans l’alimentation : quelles transformations physico-chimiques et toxicité sur la sphère digestive?
V Bézirard , S. Blanquet-Diot , S. Chalancon , S. Denis , C. Durif , E. Engel , L. Etienne-Mesmin , Elora Fournier , E. E. Gaultier , B. Houdeau , M. Lamas , M. Lévêque , J. Mercier-Bonin , J. Ratel , H. Robert , M.H. Ropers , V. Théodorou , Ophélie Uriot - Influence des rails plafonniers sur l’astreinte cardiaque des aides-soignants en gériatrie
Gil Boudet , Charlène Roussel , Jeanine Lauradoux , Françoise Chartier , Lenise Pareira , Frédéric Dutheil , Alain Chamoux - Biochemical characterization of the Escherichia coli surfaceome: a focus on type I fimbriae and flagella
Devon Kavanaugh , Adeline Sivignon , Yannick Rossez , Zina Chouit , C. Chambon , Louane Béal , Mathilde Bonnet , Michel Hébraud , Yann Guérardel , Hang Thi Thu Nguyen , Nicolas Barnich - In Vitro Investigation of the Effects of Bacillus subtilis-810B and Bacillus licheniformis-809A on the Rumen Fermentation and Microbiota
Raphaële Gresse , Bruno Ieda Cappellozza , Didier Macheboeuf , Angélique Torrent , Jeanne Danon , Lena Capern , Dorthe Sandvang , Vincent Niderkorn , Giuseppe Copani , Evelyne Forano - The Interactive Dynamics of Pseudomonas aeruginosa in Global Ecology
Telma de Sousa , Catarina Silva , Gilberto Igrejas , Michel Hébraud , Patrícia Poeta - Pseudomonas aeruginosa: One Health approach to deciphering hidden relationships in Northern Portugal
Telma de Sousa , Sandro Machado , Manuela Caniça , Miguel Ramos , Daniela Santos , Miguel Ribeiro , Michel Hébraud , Gilberto Igrejas , Olimpia Alves , Eliana Costa , Augusto Silva , Ricardo Lopes , Patrícia Poeta
Production scientifique depuis 2021
- Forme galénique à base de pulpe de baobab, procédés de préparation et utilisations - 2021
- Modèle dynamique d'étude in vitro de la perméabilité intestinale d'une molécule d'intérêt couplé en continu à un dispositif de dissolution ou de digestion - 2022
- Procédé de détection d'une pathologie - 2023
- Procédé de prédiction d'un état ou d'une pathologie - 2023
- PROCEDE DE DIAGNOSTIC PREDICTIF D'UNE PATHOLOGIE OU D'UN ETAT PATHOLOGIQUE - 2024