L’objectif de la Fédération est d’associer l’ensemble des forces vives de recherche travaillant sur les microorganismes, en lien avec leur biotope, leurs intérêts en biotechnologie, en nutrition et dans le secteur de la santé. Le concept d’holobionte qui désigne l’unité biologique composée de l’hôte (plantes, animaux, Homme) et des microorganismes qu’il héberge est également intégré.

Les concepts et les technologies en lien avec la microbiologie évoluent sans cesse. C’est un défi majeur que de s’adapter à cette évolution, mais aussi de dépasser les approches monospécifiques et culturales pour intégrer des concepts nécessitant d’une part, une démarche interdisciplinaire et, d’autre part, une mutualisation des compétences et des outils innovants (métagénomique, métatranscriptomique, métaprotéomique, métabolomique, analyse des réseaux, modélisation…). Cette conception permet l’étude des interactions microbiennes omniprésentes à tous les niveaux d’intégration du vivant : molécules, gènes, génomes, organites, cellules, populations, communautés, microbiotes complexes en lien avec l’organisme hôte ou, le biotope dans les domaines de la nutrition, de la santé et de l’environnement.

Les équipes de recherche de la fédération interagissent autour de 4 axes stratégiques interconnectés : holobionte, pathobiome, évolution génomique microbienne et biotransformation-bioprocédés (voir schéma ci-dessous). La Fédération permettra ainsi de développer des recherches transversales et pluridisciplinaires via les collaborations des différentes équipes engagées. Elle apportera une forte visibilité nationale et internationale aux microbiologistes du pôle Auvergne. Elle interagira en partenariat avec les pôles de compétitivité régionaux et les opérateurs industriels.


 

Les acteurs de la fédération

La Fédération des recherches « Systèmes microbiens » a pour tutelle principale l’Université Clermont Auvergne (UCA) et pour tutelle secondaire l’INRAE ; elle est également soutenue par l’INSERM et le CNRS.

4 Unités porteuses

8 Unités associées        

  • Institut Pascal (UMR CNRS SIGMA)
  • Institut de Chimie de CF (UCA CNRS)     
  • Neurodol (UMR INSERM 1107)
  • Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales (UMR INRAE)     
  • Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques (INRAE VetAgroSup)                                  
  • Herbivores  (INRAE VetAgroSup)
  • Ecosystème Prairial (INRAE VetAgroSup)                                                                                    
  • Nutrition Humaine (UMR INRAE)

Certains thèmes développés sont complémentaires de ceux soutenus par :

  • Le Centre Régional de Nutrition Humaine (CRNH, axe « pathologies associées au tractus gastrointestinal »)
  • L’axe de recherche Microbiologie récemment créé au sein du CHU de Clermont Fd (« Infection et inflammation : interaction hôte pathogène » (3iHP)
  • La Fédération des Recherches en Environnement.

Les partenaires industriels

Le fonctionnement : comité de pilotage

La structure fédérative est dirigée par une responsable (Christiane Forestier, Pr UCA) et une responsable-adjointe (Régine Talon, DR INRAE), en interaction étroite avec les représentants de chacun des 4 axes, membres du groupe de travail ayant contribué à la construction du projet : Ludovic Bonhomme (GDEC), Gwendoline Christophe (IP), Céline Delbès (UMRF), Julien Delmas (M2iSH), Laurence Hecquet (ICCF), Sabine Leroy (MEDIS) et Corinne Petit (LMGE).

Cette instance de pilotage est complétée par :

  • Les directeurs de recherches des unités porteuses : Mickaël Desvaux (MEDIS), Nicolas Barnich (M2iSH), Didier Debroas (LMGE), Christophe Chassard (UMRF)
  • Des représentants du monde économique et industriel : Anne Cécile Fournier (Innovatherm), Amélie Gardarin (Vegepolys Valley)

Les 4 axes de recherches