Une première Université existait entre le XIIe siècle et la fin du XVe siècle à Billom, comptant jusqu’à 2000 étudiants, à l’égal des grandes Universités de Montpellier, Toulouse et Paris. Au début du XVIe siècle, l’évêque de Clermont Thomas Duprat installe une Université à Issoire. Le Roi institue l’Université en février 1519, mais suite aux protestations de Charles de Bourbon et de l’Université de Paris, elle est fermée en 1520. En 1681, le Roi autorise la création d’un collège de médecine à Clermont. La faculté de Lettres est créée en 1808, mais elle est supprimée à la Restauration en septembre 1815.
1854 marque le début d’une activité universitaire reconnue par l’Etat à Clermont-Ferrand. Dès 1872, Emile Alluard, Professeur de physique, obtient la construction de l’observatoire météorologique au sommet du Puy-de-Dôme qui est alors la première des stations européennes de montagne. 1899 voit la création, à Besse-en-Chandesse, de la station limnologique, dans le but d’étudier la faune et la flore des lacs d’Auvergne.
Préfiguration de l’Ecole Nationale Supérieure de Chimie, l’Institut de Chimie et de Technologies Industrielles ouvre ses portes en 1911.
Mais c’est la seconde guerre mondiale qui ancrera profondément une vie universitaire clermontoise, avec le repli en 1939, des facultés de Strasbourg fuyant l’occupation allemande. Le 25 novembre 1943, les bâtiments sont encerclés par la Gestapo, avec l’ordre d’arrêter les doyens, les étudiants étrangers et ceux originaires d’Alsace-Lorraine pouvant avoir un lien avec la résistance. Près de 50 étudiants et professeurs sont arrêtés, et Paul Collomp, professeur de grec à Strasbourg est assassiné.
Les années 70 commencent à donner à l’Université son visage actuel avec la construction du campus scientifique et technique des Cézeaux, et la création de l’Institut Universitaire de Technologie de Montluçon.
En 1976, l’Université de Clermont-Ferrand se divise en deux entités : Clermont 1 (Sciences juridiques, économiques et médicales) et Clermont 2 (Lettres, Sciences et Technologies).
En 1987, Clermont 2 prend le nom d’
Université Blaise Pascal. En tant qu’Université pluridisciplinaire, elle ne pouvait pas choisir meilleur parrain que cet esprit universel par excellence qui dans le même temps fut philosophe, scientifique et homme de lettres.
En 1990, Clermont 1 prend le nom d'
Université d'Auvergne.
En 2012, est convenu la réunification des 2 universités. Cette décision est le résultat de réflexions engagées sur la structuration du site et vise à tirer le meilleur parti du cadre nouveau institué par la loi de 2013 sur l’enseignement supérieur et la recherche.
Le
1er janvier 2017, l'Université d'Auvergne et l'Université Blaise-Pascal fusionnent pour devenir ainsi l'
Université Clermont Auvergne.
Depuis l’obtention du label I-SITE en 2017, l’Université Clermont Auvergne s’est associée avec d’autres institutions liées à l’enseignement supérieur et la recherche de la région pour se réunir autour d’une ambition commune : la création d’une université de formation et de recherche à dimension nationale et internationale, fortement connectée à son environnement territorial et à sa région.
C’est dans ce cadre que le 1er janvier 2021 a vu naître la nouvelle Université Clermont Auvergne - Établissement Public Expérimental (EPE).